在厭氧段，兼性細菌通過發(fā)酵作用，將污水中溶解性BOD轉化為低分子發(fā)酵產物-揮發(fā)性脂肪酸（Volatile Fatty Acid，VFA）。在沒有溶解氧或氧化態(tài)氨（NO2）的厭氧條件下，聚磷細菌能在分解細胞內聚磷酸鹽的同時產生ATP，并利用ATP將污水中的低分子發(fā)酵產物等有機物攝入細胞，以聚β-羥基丁酸鹽（PHB）、聚β-羥基戊酸鹽（PHV）及糖原等有機顆粒的形式貯存于細胞內，所需的能量來源于聚磷酸鹽的水解及細胞內糖的酵解，同時還將分解聚磷酸鹽所產生的磷酸排出胞外，這時細胞內還會誘導產生相當量的聚磷酸鹽激酶。

上述機理表明生物除磷系統(tǒng)的除磷率與厭氧階段細菌正常發(fā)酵作用所產生的底物量以及隨后的聚磷菌對發(fā)酵產物的同化和貯存量直接正相關。

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